وبعد التغييرعام 2003 و سقوط نظام البعث وانتهاء حكم صدام المجرم وعصابته الارهابية رجعت خانقين الى مكانتها الحقيقية تدار من قبل اقليم كوردستان ، فبدأ الاستقرار الامني و الاجتماعي والمعيشي وعودة العوائل الكوردية الذين تم تهجيرهم وتسفيرهم قسرا و ظلما الى بيوتهم وبساتينهم ومزارعهم واشغالهم التجارية وغيرها ، واشرقت شمس الحرية والسلام فوق مدينة خانقين من جديد بعد غياب لاكثر من ثلاثون عاما مضت ، وتم افتتاح كلية الاداب عام 2004 - تابعة لجامعة السليمانية ولاول مرة في تاريخ خانقين وشملت الاقسام التالية " قسم اللغة الانكليزية وقسم اللغة الكوردية وقسم الفلسفة وقسم التاريخ وقسم الجغرافية وتم ايضا افتتاح كلية التربية الرياضية عام 2008  تابعة لجامعة كرميان وتم افتتاح معهدان " للفنون الجميلة و للحاسبات "  فضلا عن  بناء دور حكومية وتبليط الشوارع وتجميل المدينة بما تستحقها من تطور وتقدم وعمران سيما في الجوانب التعليمية و الصحية والخدمية و في الزراعة والتجارة كون مدينه خانقين " الجسر و الشريان الحيوي لعبور البضائع و الصلع التجارية بين العراق وايران والهند وباكستان وغيرها ، وتم ايضا افتتح مراكز واندية رياضية الى جانب كلية التربية الرياضية .

  عودة الظلم و التعريب الممنهج 

 بعد الاستفتاء على استقلال كوردستان في 25 / ايلول / 2017  والتصويت بنسبة 93 بالمائة لصالح الاستقلال رفضت حكومة بغداد " الشيعية " شرعية الاستفتاء و امر " حيدرالعبادي " رئيس الوزراء الاسبق " بتاريخ 16 / تشرين الاول / 2017 " شن هجوم واسع من قبل الجيش وميليشيات الحشد " خلافا للدستورالعراقي " وبدعم عسكري ايراني والضوء الاخضرمن قبل التحالف الدولي على جميع المناطق الكوردية المتنازع عليها بين حكومة بغداد واقليم كوردستان وتم احتلال خانقين بعد انسحاب البيشمركة منها دون قتال ... يقول الكاتب والمفكر الكوردي السيد كفاح محمود كريم " ... بدلا من التعامل الحضاري مع قيادة الاقليم حول نتائج الاستفتاء كما فعلت بريطانيا مع سكوتلاندا وذلك اجراء حوار مستفيض اما لحل كل الاشكالات التي كانت سبب الاستفتاء والذهاب الى عدم تنفيذ نتائجه او تطوير النظام الفيدرالي بشكل اوس، الا ان الطرف الاخر رفض اي حوار بالمطلق واختار الحسم العسكري ففرض الحصار ومنع الطيران و اغلق الحدود وشن حربا بالتعاون مع ايران وخبرائها العسكريين على اقليم في ثلاث معارك مفصلية كانت تستهدف فيها العاصمة اربيل لاسقاط الشرعية والكيان السياسي للاقليم  ، ورغم فشل كل تلك المحاولات ومرور خمس سنوات على اجراء الاستفتاء فان الظروف التي ادت الى قيامه ما تزال كما هي بل ربما اصبحت اسوء مع تغول وتنمر المليشيات و الجماعات المسلحة الخارجة على القانون والمدعومة خارجيا والتي تستهدف الاقليم بكافة اسلحتها في محاولة منها لايقاف عجلة التقدم والازدهار التي فضحت فسادهم وفشلهم في ادارة الدولة . انتهى  الاقتباس "  شفق نيوز 5 / 10 / 2022 بغداد ، و سبب هذا العدوان الهمجي دخول " داعش" الى هذه المناطق ونزوح جماعي للعوائل الكوردية تاركين منازلهم ومحلاتهم التجارية وممتلكاتهم ومزارعهم وغيرها ، وبدا التخريب والهدم و التعريب من جديد حيث قامت عوائل عربية وبدعم من داعش السيطرة واحتلال المنطقة ، وفوق كل ذلك تقوم حكومة بغداد حملة تعريب ممنهج في خانقين والمناطق المتنازع عليها حيث تنقل السجلات - نفوس المدنية - لعوائل عربية الى داخل خانقين وكركوك والقرى التابعة لها مستغلة نزوح الاسر الكوردية جراء التهديدات الارهابية والعنف والضغط فضلا عن منع الكورد للعمل في الدوائر الحكومية وشركة النفط وفي سلك الجيش و الشرطة ومنع تعليم اللغة الكوردية في المدارس واصدار اوامر بازالة اسماء كوردية للشوارع والمحلات والاهمال المتعمد للمناطق والازقة الكوردية من الخدمات وغيرها  واصبحت خانقين وكركوك وقراها و اريافها " تشكو وبشدة من هذه الاعمال الهمجية والمخالفة للدستور والقانون و الانسانية فضلا عن التهميش و الاهمال الامني و الاداري وغيرها ... وحلا لجميع المشكلات ومن اجل استقرار خانقين وجميع المناطق المتنازعة عليها :  1 - على حكومة بغداد تطبيق المادة 140 الدستورية الخاصة بالمناطق الكوردية المتنازع عليها وباسرع وقت  2 - على  الاحزاب الكوردية العمل " كفكر وقوة وموقف موحد " في محاربة الجهات المعتدية على العوائل الكوردية ، وطرد المحتلين من خانقين وكركوك والمناطق الاخرى ولكن ومع الاسف الاحزاب الكوردية غير موحدة ، وان قادة هذه الاحزاب يسعون من اجل المصالح الذاتية المادية و الكرسي الحكم ، لذا فان كوردستان ستبقى تحت سيطرة ومؤامرات و اعتداءات بغداد وطهران وانقرة ودمشق ويبقى الكورد بلا قيمة و لا وزن ولا احترام دوليا وعالميا . 3 - ضرورة عودة البيشمركة الى خانقين وكركوك والقرى و الارياف التابعة لها و الى المناطق المتنازعة عليها الاخرى للدفاع عن الاهالي . 4 - الوقوف وبشدة بوجه كافة الجهات والاطراف التي تسعى لتغيير ديمغرافي - سكاني في خانقين ومندلي وكركوك والموصل وسنجار وتعريبها وعلى الاحزاب الكوردية و حكومة الاقليم بعدم الوقوف كمتفرجين ازاء هذه الحالات و الاعتداءات المقصودة .  5 - على الاعلام والصحافة بجميع انواعه واشكاله اخذ دورا وطنيا ثوريا وحضاريا في اسكات الابواق البعثية والشيعية والارهابية الشوفينية الحاقدة على الكورد و كوردستان.