عاد الأستاذ محمد نذير مصطفى الى صفوف البارتي في المؤتمر الثامن الذي أعقب استشهاد الأمين العام , الأستاذ كمال أحمد درويش, حيث شكل طلب عودته جدلا واسعا بين اعضاء الحزب, وصراعا محتدما بين جناحين في الحزب, على موضوع قبول عودته او عدم قبوله, وكانت النتيجته انشقاق الحزب الى طرفين. انتخب عضوا في اللجنة المركزية للحزب من قبل المؤتمر الثامن, ليتم انتخابه فيما بعد سكرتيرا للحزب, وفي المؤتمر التاسع انتخب سكرتيرا عاما من قبل أعضاء المؤتمر, واعيد انتخابه في المؤتمر العاشر, على الرغم من عدم تمكنه من حضور جلسات المؤتمر نتيجة المرض, حيث كان يعاني من مرض سرطان الرئة, الذي شخص عام 2006م في دمشق ونقل على عجل الى فرنسا و تلقى علاجا دقيقا في مستشفياتها, تحسن على اثره وضعه الصحي نسبيا, وتمكن من حضور بعض المناسبات التي اقامها الحزب ومنها ذكرى مرور خمسين عام على تاسيس البارتي, وشارك فيه في تكريم بعض كوادر البارتي, ولكن في الفترة الأخيرة ونتيجة انتكاسة المرض اشتد به المرض, وفارق الحياة في صبيحة يوم الاثنين الموافق 22/12/2008م  في مشفى المواساة بدمشق.